Phylogénétique : quelles mesures de support pour les branches d'un arbre - Archive ouverte HAL Access content directly
Book Sections Year : 2022

Phylogénétique : quelles mesures de support pour les branches d'un arbre

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Abstract

Une fois une phylogénie estimée, se pose la question du support de ses branches et des inférences associées : Décrivent-elles la réalité du passé biologique ? Sontelles fiables, reproductibles, robustes ? Ou à l'inverse peut-on conclure que le signal contenu dans les données ne permet pas de trancher entre plusieurs hypothèses alternatives ? De nombreuses approches ont été proposées pour répondre à ces questions. Nous décrivons dans ce chapitre les principales méthodes utilisées aujourd'hui en phylogénétique. Certaines sont locales et demandent peu de temps calcul. D'autres comme le bootstrap requièrent à l'inverse des calculs lourds mais donnent une vision plus globale. On distingue les méthodes paramétriques qui font explicitement appel à un modèle de l'évolution des séquences et se basent sur la fonction de vraisemblance ou la distribution a posteriori dans un cadre Bayésien, et les approches non-paramétriques qui reposent sur moins d'hypothèses explicites. On trouvera quatre parties dans ce chapitre : (1) supports locaux ; (2) bootstrap phylogénétique de Felsenstein et bootstrap de transfert ; (3) supports Bayésiens basés sur les probabilités a posteriori; (4) comparaison de ces approches et discussion.
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hal-03861414 , version 1 (19-11-2022)

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Attribution - NonCommercial - CC BY 4.0

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Cite

Olivier Gascuel, Frédéric Lemoine. Phylogénétique : quelles mesures de support pour les branches d'un arbre. Gilles Didier; Stéphane Guindon. Modèles et méthodes pour l’évolution biologique, ISTE editions, pp.223-246, 2022, 978-1-78949-069-5 (ebook). ⟨10.51926/ISTE.9069.ch9⟩. ⟨hal-03861414⟩
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