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The impact of viral mutations on recognition by SARS-CoV-2 specific T cells

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Abstract : We identify amino acid variants within dominant SARS-CoV-2 T cell epitopes by interrogating global sequence data. Several variants within nucleocapsid and ORF3a epitopes have arisen independently in multiple lineages and result in loss of recognition by epitope-specific T cells assessed by IFN-γ and cytotoxic killing assays. Complete loss of T cell responsiveness was seen due to Q213K in the A∗01:01-restricted CD8+ ORF3a epitope FTSDYYQLY207-215; due to P13L, P13S, and P13T in the B∗27:05-restricted CD8+ nucleocapsid epitope QRNAPRITF9-17; and due to T362I and P365S in the A∗03:01/A∗11:01-restricted CD8+ nucleocapsid epitope KTFPPTEPK361-369. CD8+ T cell lines unable to recognize variant epitopes have diverse T cell receptor repertoires. These data demonstrate the potential for T cell evasion and highlight the need for ongoing surveillance for variants capable of escaping T cell as well as humoral immunity.
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https://hal-cnrs.archives-ouvertes.fr/hal-03451248
Contributor : Marc-Emmanuel Dumas Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Friday, November 26, 2021 - 1:08:49 PM
Last modification on : Friday, April 1, 2022 - 3:56:52 AM

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Marc-Emmanuel Dumas, Thushan de Silva, Guihai Liu, Benjamin Lindsey, Danning Dong, et al.. The impact of viral mutations on recognition by SARS-CoV-2 specific T cells. iScience, 2021, 24 (11), pp.103353. ⟨10.1016/j.isci.2021.103353⟩. ⟨hal-03451248⟩

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