Skip to Main content Skip to Navigation
Conference papers

IFB-Biosphère : Services cloud pour l'analyse des données des sciences de la vie

Résumé : L'Institut Français de Bioinformatique (IFB) propose différents services pour le traitement des données des sciences de la vie, en partie basés sur une fédération de clouds académiques. Le portail Biosphère (https://biosphere.france-bioinformatique.fr) fournit plusieurs interfaces pour simplifier l’usage du cloud de l’IFB : le catalogue RAINBio des environnements modèles (appliances), un tableau de bord pour gérer les déploiements et un registre des données publiques disponibles. La fédération IFB-Biosphère, initiée fin 2016, comporte 5 400 cœurs et 27 téraoctets de mémoire, répartis entre 6 sites basés sur Openstack, fédérés avec le système Nuvla. En plus des composants de base, d'autres plus spécifiques comme Manila pour la fourniture de volumes partagés en mode fichier, sont requis pour la majorité des applications bioinformatiques. La gestion des utilisateurs repose sur les identifiants institutionnels de la fédération d’identités eduGAIN, avec un proxy "keycloack" et des clients OpenID Connect. Les appliances bioinformatiques proposent de nombreux outils courants pour l’analyse de données biologiques, 33 sont actuellement publiées dans le catalogue RAINBio. Ces environnements fournissent des outils comme "conda", "docker" ou "ansible"; des interfaces scientifiques de haut-niveau (portails web Rstudio ou Jupyter Notebook), ou un bureau graphique à distance. Certains environnements comprennent plusieurs composants reposant sur autant de machines virtuelles ou conteneurs. Le quota de base, extensible, permet de déployer des VMs, avec jusqu’à 128 cœurs et 3 To de RAM. Le cloud IFB-Biosphère est utilisé pour des analyses scientifiques pouvant être intensives (4 000 cœurs), et par de nombreuses sessions de formation, écoles scientifiques, cursus de masters universitaires, workshops ou hackathons.
Complete list of metadata

https://hal-cnrs.archives-ouvertes.fr/hal-03297018
Contributor : Bruno Spataro <>
Submitted on : Friday, July 23, 2021 - 9:43:58 AM
Last modification on : Tuesday, September 21, 2021 - 4:06:15 PM

File

paper154_article_rev5288_20191...
Files produced by the author(s)

Identifiers

  • HAL Id : hal-03297018, version 1

Citation

Christophe Blanchet, Olivier Collin, Matéo Boudet, Stéphane Delmotte, Hervé Gilquin, et al.. IFB-Biosphère : Services cloud pour l'analyse des données des sciences de la vie. Journées RESeaux - JRES 2019, Dec 2019, Dijon, France. ⟨hal-03297018⟩

Share

Metrics

Record views

44

Files downloads

29