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HAL-CNRSCNRS scientific publications |
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Chromosomal resolution reveals symbiotic virus colonization of parasitic wasp genomes
Jérémy Gauthier
1
Hélène Boulain
1
Joke J.F.A. van Vugt
Lyam Baudry
2, 3
Emma Persyn
Jean-Marc Aury
4, 5
Benjamin Noel
Anthony Bretaudeau
6, 7
Fabrice Legeai
Sven Warris
Mohamed Amine Chebbi
Géraldine Dubreuil
1
Bernard Duvic
8
Natacha Kremer
9
Philippe Gayral
1
Karine Musset
1
Thibaut Josse
1
Diane Bigot
Christophe Bressac
1
Sébastien Moreau
1
Georges Périquet
Myriam Harry
10
Nicolas Montagne
11
Isabelle Boulogne
Mahnaz Sabeti-Azad
Martine Maïbèche
11
Thomas Chertemps
Frédérique Hilliou
12
David Siaussat
11
Joëlle Amselem
13
Isabelle Luyten
Claire Capdevielle-Dulac
10
Karine Labadie
Bruna Laís Merlin
Valérie Barbe
14
Jetske de Boer
Martial Marbouty
2, 3
Fernando Luis Cônsoli
Stéphane Dupas
10
Aurélie Hua Van
10
Gaëlle Le Goff
12
Annie Bézier
1
Emmanuelle Jacquin-Joly
11
James Whitfield
Louise E.M. Vet
15
Hans Smid
Laure Kaiser
10
Romain Koszul
2
Elisabeth Huguet
1
Elisabeth Herniou
1
Jean-Michel Drezen
1, *
*
Corresponding author
Jérémy Gauthier 1
Author
Hélène Boulain 1
Author
Joke J.F.A. van Vugt
Author
Lyam Baudry 2, 3
Author
Emma Persyn
Author
Jean-Marc Aury 4, 5
Author
Benjamin Noel
Author
Anthony Bretaudeau 6, 7
Author Employer institution : Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement IdHAL : anthony-bretaudeau
Fabrice Legeai
Author
Sven Warris
Author
Mohamed Amine Chebbi
Author
Géraldine Dubreuil 1
Author IdHAL : geraldine-dubreuil ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/N-4483-2013 IdRef : https://www.idref.fr/120030438 ORCID : https://orcid.org/0000-0002-5410-8776
Bernard Duvic 8
Author IdHAL : bernard-duvic ORCID : https://orcid.org/0000-0002-7618-7719
Natacha Kremer 9
Author
Philippe Gayral 1
Author
Karine Musset 1
Author
Thibaut Josse 1
Author
Diane Bigot
Author
Christophe Bressac 1
Author IdHAL : christophe-bressac ORCID : https://orcid.org/0000-0001-7609-8970
Sébastien Moreau 1
Author IdHAL : sebastien-moreau ORCID : https://orcid.org/0000-0002-7796-310X
Georges Périquet
Author
Myriam Harry 10
Author
Nicolas Montagne 11
Author Employer institution : École des Ponts ParisTech IdHAL : nicolas-montagne ORCID : https://orcid.org/0000-0002-2322-7051
Isabelle Boulogne
Author IdHAL : isabelle-boulogne ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/N-5972-2014 ORCID : https://orcid.org/0000-0001-6810-6504
Mahnaz Sabeti-Azad
Author
Martine Maïbèche 11
Author
Thomas Chertemps
Author
Frédérique Hilliou 12
Author
David Siaussat 11
Author
Joëlle Amselem 13
Author
Isabelle Luyten
Author
Claire Capdevielle-Dulac 10
Author
Martial Marbouty 2, 3
Author IdHAL : martial-marbouty ORCID : https://orcid.org/0000-0002-1668-8423
Fernando Luis Cônsoli
Author
Stéphane Dupas 10
Author
Aurélie Hua Van 10
Author
Gaëlle Le Goff 12
Author
Annie Bézier 1
Author IdHAL : annie-bezier ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/B-4429-2016 IdRef : https://www.idref.fr/071600698 ORCID : https://orcid.org/0000-0002-2528-4260
Emmanuelle Jacquin-Joly 11
Author IdHAL : emmanuelle-joly ORCID : https://orcid.org/0000-0002-6904-2036
James Whitfield
Author
Louise E.M. Vet 15
Author
Hans Smid
Author
Laure Kaiser 10
Author
Romain Koszul 2
Author IdHAL : romain-koszul ORCID : https://orcid.org/0000-0002-3086-1173
Elisabeth Huguet 1
Author IdHAL : elisabeth-huguet IdRef : https://www.idref.fr/110764358 ORCID : https://orcid.org/0000-0002-0096-0330
Elisabeth A. Herniou 1
Author IdHAL : elisabeth-herniou ORCID : https://orcid.org/0000-0001-5362-6056 IdRef : https://www.idref.fr/164961615 ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/B-3786-2016
Jean-Michel Drezen 1
Correspondent author IdHAL : jean-michel-drezen IdRef : https://www.idref.fr/110764056 ORCID : https://orcid.org/0000-0001-7578-635X
1
IRBI - Institut de recherche sur la biologie de l'insecte UMR7261 (Av Monge 37200 TOURS - France)
- UT - Université de Tours (60 rue du Plat d'Étain, 37020 Tours cedex 1 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR7261 (France)
2
Régulation spatiale des Génomes - Spatial Regulation of Genomes (Département Génomes et Génétique - 25-28, rue du Docteur Roux 75724 Paris cedex 15 - France)
- Institut Pasteur [Paris] (25-28, rue du docteur Roux, 75724 Paris cedex 15 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR 3525 (France)
3
Collège Doctoral (21, rue de l'école de médecine
75006 Paris - France)
- SU - Sorbonne Université (21 rue de l’École de médecine - 75006 Paris - France)
4
GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (2, rue Gaston Crémieux CP5706 91057 EVRY Cedex - France)
- DRF (CEA) - Direction de Recherche Fondamentale (CEA) : DRF/JACOB (Direction de Recherche Fondamentale
Fundamental Research Division
CEA Saclay
91191 Gif-sur-Yvette
- France)
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France)
- Université Paris-Saclay (Bâtiment Bréguet, 3 Rue Joliot Curie 2e ét, 91190 Gif-sur-Yvette - France)
5
JACOB - Institut de Biologie François JACOB (DRF
CEA
Fontenay-aux-Roses - France)
- DRF (CEA) - Direction de Recherche Fondamentale (CEA) : DRF/JACOB (Direction de Recherche Fondamentale
Fundamental Research Division
CEA Saclay
91191 Gif-sur-Yvette
- France)
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France)
6
IGEPP - Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (Domaine de la Motte au Vicomte BP 35327
35653 Le Rheu - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR1349 (France)
- UR1 - Université de Rennes 1 : UMR1349 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- AGROCAMPUS OUEST : UMR1349 (Institut Supérieur des Sciences Agronomiques, Agroalimentaires, Horticoles et du Paysage - 65, rue de St Brieuc - CS 84215 - 35042 Rennes cedex - France)
7
IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (Avenue du général Leclerc
Campus de Beaulieu
35042 RENNES CEDEX - France)
- IMT Atlantique - IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (Campus Brest : Technopôle Brest-Iroise CS 8381829238 BREST Cedex 3 -
Campus Nantes : 4, rue Alfred Kastler- La chantrerie 44300 NANTES -
Campus Rennes : 2 Rue de la Châtaigneraie, 35510 CESSON SEVIGNE - France)
- IMT - Institut Mines-Télécom [Paris] (37-39 Rue Dareau, 75014 Paris - France)
- CentraleSupélec (3, rue Joliot Curie, Plateau de Moulon, 91192 GIF-SUR-YVETTE Cedex - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6074 (France)
- ENS Rennes - École normale supérieure - Rennes (Campus de Ker Lann - avenue Robert Schuman - 35170 Bruz - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- INSA Rennes - Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (20, avenue des Buttes de Coësmes - CS 70839 - 35708 Rennes cedex 7 - France)
- UBS - Université de Bretagne Sud (BP 92116 - 56321 Lorient cedex - France)
8
DGIMI - Diversité, Génomes & Interactions Microorganismes - Insectes [Montpellier] (Place Eugène Bataillon 34095 Montpellier cedex 5 - France)
- UM - Université de Montpellier (163 rue Auguste Broussonnet - 34090 Montpellier - France)
- INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement : UMR1333 (France)
9
LBBE - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (43 Bld du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5558 (France)
10
EGCE - Evolution, génomes, comportement et écologie (Avenue de la Terrasse, bâtiment 13, boite postale 1, 91198, Gif-sur-Yvette cedex - France)
- IRD - Institut de Recherche pour le Développement (Siège Le Sextant 44, bd de Dunkerque CS 90009 13572 Marseille cedex 02 - France)
- Université Paris-Saclay (Bâtiment Bréguet, 3 Rue Joliot Curie 2e ét, 91190 Gif-sur-Yvette - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR 9191 (France)
11
iEES Paris - Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (Sorbonne-Université, campus de Jussieu - Bât A - Paris (75005) - INRAE - Versailles (78) - IRD - Bondy (93) - UPEC - Créteil (94)
- France)
- IRD - Institut de Recherche pour le Développement : UMR242 (Siège Le Sextant 44, bd de Dunkerque CS 90009 13572 Marseille cedex 02 - France)
- SU - Sorbonne Université : UMR113 (21 rue de l’École de médecine - 75006 Paris - France)
- UPEC UP12 - Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 : UMR7618 (61 avenue du Général de Gaulle - 94010 Créteil cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR7618 (France)
- INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement : UMR1392 (France)
12
ISA - Institut Sophia Agrobiotech (INRAE Centre de recherche Provence-Alpes-Côte d'Azur 400, route des Chappes BP 167 06903 Sophia Antipolis Cedex - France)
- UNS - Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (Parc Valrose - BP 2135 - 06103 Nice cedex 2 - France)
- COMUE UCA - COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (Parc Valrose, 28, avenue Valrose 06108 Nice Cedex 2 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR7254 (France)
- INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement : UMR1355 (France)
- UCA - Université Côte d'Azur (Parc Valrose, 28, avenue Valrose 06108 Nice Cedex 2 - France)
13
URGI - Unité de Recherche Génomique Info (INRAE, Centre de recherche de Versailles, bat.18 Route de Saint Cyr 78000 Versailles - France)
14
UMS CNRS 3628 - INRAE 1396 - Inserm 026 - France Génomique (France Génomique
DSV/CEA/Genoscope
2, rue Gaston Crémieux
CP5706
91 057 Evry Cedex - France)
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives : DRF (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UAR3628 / UMS3628 (France)
- INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement : UMR1396 (France)
Abstract : Most endogenous viruses, an important proportion of eukaryote genomes, are doomed to slowly decay. Little is known, however, on how they evolve when they confer a benefit to their host. Bracoviruses are essential for the parasitism success of parasitoid wasps, whose genomes they integrated ~103 million years ago. Here we show, from the assembly of a parasitoid wasp genome, for the first time at a chromosomal scale, that symbiotic bracovirus genes spread to and colonized all the chromosomes. Moreover, large viral clusters are stably maintained suggesting strong evolutionary constraints. Genomic comparison with another wasps revealed that this organization was already established ~53 mya. Transcriptomic analyses highlight temporal synchronization of viral gene expression, leading to particle production. Immune genes are not induced, however, indicating the virus is not perceived as foreign by the wasp. This recognition suggests that no conflicts remain between symbiotic partners when benefits to them converge.
Document type :
Preprints, Working Papers, ...
Domain :
Complete list of metadata
https://hal-cnrs.archives-ouvertes.fr/hal-03090838
Contributor : Laure Kaiser-Arnauld Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Wednesday, December 30, 2020 - 10:56:12 AM
Last modification on : Sunday, May 1, 2022 - 3:17:14 AM
Long-term archiving on: : Wednesday, March 31, 2021 - 6:33:22 PM
Contributor : Laure Kaiser-Arnauld Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Wednesday, December 30, 2020 - 10:56:12 AM
Last modification on : Sunday, May 1, 2022 - 3:17:14 AM
Long-term archiving on: : Wednesday, March 31, 2021 - 6:33:22 PM
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Gauthier et al_Cotesia genomes...
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Licence
Distributed under a Creative Commons Attribution - NonCommercial - NoDerivatives 4.0 International License
Identifiers
- HAL Id : hal-03090838, version 1
- DOI : 10.1101/2020.03.19.994459
Collections
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Relations
- is version of hal-03127732
Citation
Jérémy Gauthier, Hélène Boulain, Joke J.F.A. van Vugt, Lyam Baudry, Emma Persyn, et al.. Chromosomal resolution reveals symbiotic virus colonization of parasitic wasp genomes. 2020. ⟨hal-03090838⟩
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