Controlling technical variation amongst 6693 patient microarrays of the randomized MINDACT trial - CNRS - Centre national de la recherche scientifique Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Communications Biology Année : 2020

Controlling technical variation amongst 6693 patient microarrays of the randomized MINDACT trial

Anke Witteveen
  • Fonction : Auteur
Inès Beumer
  • Fonction : Auteur
Leonie Delahaye
  • Fonction : Auteur
Diederik Wehkamp
  • Fonction : Auteur
Jeroen van den Akker
  • Fonction : Auteur
Mireille Snel
  • Fonction : Auteur
Bob Chan
  • Fonction : Auteur
Arno Floore
  • Fonction : Auteur
Niels Bakx
  • Fonction : Auteur
Guido Brink
  • Fonction : Auteur
Coralie Poncet
  • Fonction : Auteur
Jan Bogaerts
  • Fonction : Auteur
Mauro Delorenzi
  • Fonction : Auteur
Martine Piccart
  • Fonction : Auteur
Emiel Rutgers
  • Fonction : Auteur
Fatima Cardoso
  • Fonction : Auteur
Terence Speed
  • Fonction : Auteur
Laura van ’t Veer
  • Fonction : Auteur
Annuska Glas
  • Fonction : Auteur

Résumé

Gene expression data obtained in large studies hold great promises for discovering disease signatures or subtypes through data analysis. It is also prone to technical variation, whose removal is essential to avoid spurious discoveries. Because this variation is not always known and can be confounded with biological signals, its removal is a challenging task. Here we provide a step-wise procedure and comprehensive analysis of the MINDACT microarray dataset. The MINDACT trial enrolled 6693 breast cancer patients and prospectively validated the gene expression signature MammaPrint for outcome prediction. The study also yielded a full-transcriptome microarray for each tumor. We show for the first time in such a large dataset how technical variation can be removed while retaining expected biological signals. Because of its unprecedented size, we hope the resulting adjusted dataset will be an invaluable tool to discover or test gene expression signatures and to advance our understanding of breast cancer.
Fichier principal
Vignette du fichier
s42003-020-1111-1.pdf (6.7 Mo) Télécharger le fichier
Origine : Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte
Loading...

Dates et versions

hal-02990043 , version 1 (05-11-2020)

Identifiants

Citer

Laurent Jacob, Anke Witteveen, Inès Beumer, Leonie Delahaye, Diederik Wehkamp, et al.. Controlling technical variation amongst 6693 patient microarrays of the randomized MINDACT trial. Communications Biology, 2020, 3, ⟨10.1038/s42003-020-1111-1⟩. ⟨hal-02990043⟩
63 Consultations
69 Téléchargements

Altmetric

Partager

Gmail Facebook X LinkedIn More